Тут есть два ключевых момента, на которые обычно ориентируется проверка, если ее к вам занесет: в чьей собственности находится орудие труда и кто определяет задачи работнику. Поэтому идеально будет, если ваши программисты-ЧП будут работать на своих ноутбуках (если это невозможно и нужны стационарные машины, оговорите это в договоре как "оборудование, временно выданное для выполнения заказа" и обоснуйте беезопасностью, например - у вас могут быть какие-то разработки, которые вы не можете позволить из офиса выносить). А заказ будет оформлен как классический подряд: заключается договор на выполнение определенного заказа, нанимается подрядчик-ЧП, и в рамках оговоренного отдельные задачи он ставит себе сам, а конечный и промежуточные результаты оформляются, например, актом сдачи-приемки (на практике этим можно и не морочиться, главное, чтобы в договоре пункт был).
Ну и оплата, разумеется, должна определяться как позадачная или почасовая, но ни в коем случае не за месяц, как зарплата.
Короче говоря, проверяющему должно быть совершенно очевидно, что на вас работает приглашенный на конкретный заказ спец, а не наемный работник с рутинными задачами с 9 до 18.
Айтишников обычно не проверяют, поскольку специфика области такова, что значительная часть процесса именно из таких заказов-проектов и состоит, и частников-подрядчиков в этой области очень много. Но Марго вам правильно выше написала - лишний раз лучше не рисковать, потому что внимание к иностранцу, конечно, куда более пристальное, чем к местному. Не пристрастное, а именно пристальное (что вполне понятно).